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先端融合工学専攻は，「医工学コース」と「機能材料工学コース」を設け，体系的なカリキュラムに基づく教育研究を通して，人間と環境に優しい社会の構築および社会や地域の持続的発展に貢献できる確かな知識と実践力を有する高度な専門技術者等を育成することを目的としています．
「医工学コース」
医療・福祉ロボット，医用材料，生体モデリング，生体シミュレーション，人工臓器，再生医療，人間工学，バイオエンジニアリング等に関する研究教育を通して，工学的な見地から医学（とくに医療・健康・福祉）の発展を支える人材，また人間工学をテーマとする様々な分野で活躍できる人材を育成することを目標としています．
「機能材料工学コース」
無機化学や有機化学を基盤とする電子材料，固体材料，機能分子材料の開発等の教育研究を通して，また，産業技術総合研究所九州センター等，他機関や地域企業との連携による教育研究を通して，社会の発展に貢献できる高度な専門技術者等を育成することを目標としています．
本専攻は，このような人材育成を目指し，具体的な教育目標を次に定めています．
- 専門科目を通して，医工学及び理工学の幅広い知識を身につけるとともに高度な専門知識と技術とそれらを応用し，発展させるための研究能力，創造力を身につける．
- 研究科共通科目を通して，技術者としての素養を身につける．
- 研究活動を通して，人間と環境に優しい社会の構築および社会や地域の持続的発展に貢献できる研究遂行能力及び創造力を身につける．
- 研究活動を通して，プレゼンテーションをはじめとする国際的なコミュニケーション能力を身につける．